En Inde, Roberto de Nobili se fait Brahmane (-1656) et convertit des indous en respectant leur système de castes. Ils sera suivi par de nombreux missionnaires se coulant dans la caste des Pandaroms (pénitents) qui est la seule en contact avec toutes les couches sociales.

Au Paraguay, les jésuites rentrent en contact dès 1587 avec les indiens guaranis. Ils fondent des réductions qui sont des villes indiennes gouvernées par les jésuites selon des principes chrétiens (mais paternalistes). Les réductions ont des plans en damier, pratiquent l'élevage collectif, inventent la formation professionnelle et ont une vie réglée sur la liturgie. Mais en 1750, le Portugal veut conquérir ce territoire et lance une campagne de dénigrement. Les jésuites vont être expulsés du Portugal, puis d'Espagne et enfin du Paraguay (1768). Les réductions sont pillées.

En Amérique du Nord, les jésuites connaissent le martyre en essayant d'évangéliser les indiens. Eusèbe Kuno fonde une mission prospère en 1687 aux alentours de l'actuelle Tucson. Jean de Brébeuf s'inculture chez les hurons à partir de 1632, il sera atrocement martyrisé par les iroquois. Isaac Jogues, prisonnier des iroquois, et torturé saura les amadouer pour finalement être abattu en 1646.