Un des premiers compagnons d'Ignace, il incarnera la vocation apostolique de la Compagnie avant même qu'elle soit dans ses statuts. En 1541, il embarque pour l'Inde où il baptise rapidement 40 000 indigènes sans même connaître leur langue et parfois sans interprète! (A cette époque, les missionnaires s'empressent de baptiser les païens pour les sauver des flammes de l'enfer!). Peu à peu, il découvre combien l'inculturation est importante (découverte essentielle qu'un Matthéo Ricci développera avec succès).

En 1545, il est en Malaisie où il rédige cette fois un catéchisme en malais. En 1549, il embarque pour le Japon, où il crée un noyau solide de 2000 baptisés en trois ans. En 1552, il espère partir pour la Chine (fermée aux européens par décision de son empereur), et meurt d'épuisement sans l'atteindre.

François Xavier fut un prédicateur très écouté des plus pauvres mais aussi des princes. Il fut aussi l'homme qui se laissa modeler par l'Esprit Saint dans la solitude. Il ne s'épargnait rien pour répandre la bonne nouvelle. Son appel le brûlait tellement qu'il écrivit cette phrase restée célèbre : "J'ai très souvent eu envie d'aller dans les universités d'Europe en criant à pleine voix comme un homme qui a perdu le sens, de dire à ceux qui ont plus de science que d'amour ... que leur insouciance est cause qu'un grand nombre d'âmes se détournent du chemin de la gloire."

Dans le sillon de François Xavier , les jésuites connaîtront une grâce particulière pour l'évangélisation, avec un esprit d'inculturation très moderne.

Mattheo Ricci et Ruggieri évangélisent la Chine en pratiquant l'inculturation de l'évangile (1582-). Ils adoptent la langue chinoise et font des concessions aux cérémonies chinoises confucéennes, accomplissant un fabuleux travail missionnaire. Les dominicains et les franciscains protestent, déclenchant la Querelle des Rites. Cette vision très moderne de la mission sera condamnée en 1645 par le pape Innocent X, autorisée en 1656 par le pape Alexandre VII, pour être à nouveau condamnée en 1669 et définitivement en 1715 (confirmé en 1742) : les chinois apostasient en masse. L'autorisation des chrétiens chinois à participer aux rites civils ne sera donnée qu'en 1939(!) mais la Chine ne peut le pardonner. Cette erreur pèsera certainement beaucoup sur l'évangélisation du monde.

En Inde, Roberto de Nobili se fait Brahmane (-1656) et convertit des indous en respectant leur système de castes. Ils sera suivi par de nombreux missionnaires se coulant dans la caste des Pandaroms (pénitents) qui est la seule en contact avec toutes les couches sociales.

Au Paraguay, les jésuites rentrent en contact dès 1587 avec les indiens guaranis. Ils fondent des réductions qui sont des villes indiennes gouvernées par les jésuites selon des principes chrétiens (mais paternalistes). Les réductions ont des plans en damier, pratiquent l'élevage collectif, inventent la formation professionnelle et ont une vie réglée sur la liturgie. Mais en 1750, le Portugal veut conquérir ce territoire et lance une campagne de dénigrement. Les jésuites vont être expulsés du Portugal, puis d'Espagne et enfin du Paraguay (1768). Les réductions sont pillées.

En Amérique du Nord, les jésuites connaissent le martyre en essayant d'évangéliser les indiens. Eusèbe Kuno fonde une mission prospère en 1687 aux alentours de l'actuelle Tucson. Jean de Brébeuf s'inculture chez les hurons à partir de 1632, il sera atrocement martyrisé par les iroquois. Isaac Jogues, prisonnier des iroquois, et torturé saura les amadouer pour finalement être abattu en 1646.