Il ne mâchait pas ses mots, il aimait la vérité, quelque soit son prix. Entre 1963 et 1965, il participe au Concile Vatican II comme théologien de l’Église du Burundi. Le Père Barakana fera partie des neuf jésuites qui, le 12 mars 1961, ont créé le Centre Universitaire. Il en est le premier représentant légal. Lorsque cette institution se transforme en Université Officielle du Burundi le 10 janvier 1964, il fait partie de son Conseil d’administration et y exerce des enseignements dans la faculté de droit. En 1971, il devient Recteur de la même Université. Il exercera cette fonction jusqu’en 1978. Il fut témoin de la grande crise ethnique d’avril 1972. Il invitait souvent les étudiants à se montrer responsables dans la vie quotidienne. Après ses fonctions comme Recteur de l’Université du Burundi, le Père Barakana passe un temps d’anglais en Angleterre (1978) puis il vient à Chantilly (1979-81), en France, pour un ressourcement spirituel. On a fait courir le bruit qu’on le préparait à être nonce apostolique. Il n’en était rien. De retour au pays, en 1981, il se consacre à un ministère spirituel. C’est alors qu’il a lancé le Mouvement Sacerdotal Marial au Burundi. Son soutien à ce mouvement lui a valu l’emprisonnement du 30 juillet 1985 au 27 mars 1987, tour à tour, à Bujumbura, Rumonge et Muramvya. Pendant cette période, le Père s’est fait remarquer par une très grande sérénité, un homme de droit, un martyr de la vérité. Jamais, il n’acceptait de pression pour lui faire démordre des ses convictions profondes, religieuses, spirituelles ou intellectuelles. Dans sa prison, il a fortifié le mouvement marial et la récitation du rosaire, imperturbable, dans une foi inébranlable. Il disait qu’il n’avait jamais été aussi libre qu’en prison.