Le 17 février 1969, l’Etat du Rwanda accorda la personnalité civile à l’Association des Religieux de la Compagnie de Jésus au Rwanda. Les Jésuites ont désormais un statut juridique dans la République rwandaise. Le 6 avril 1969, les Pères Chrysologue Mahame, Tony Vandenchkerkoven, Léon Verwilghen sont nommés et envoyés par le Provincial d’Afrique Centrale pour la fondation d’une Résidence de la Compagnie de Jésus à Kigali, Capitale de la République Rwandaise : l’actuel Centre Christus.

Ce centre a connu un grand essor, et dès sa fondation les jésuites y ont exercé diverses activités : retraites et récollections spirituelles en français et en Kinyarwanda, sessions de formation permanente en différents domaines, développement de l’Inades-Formation-Rwanda, etc.

Le 8 décembre 1969, le T.R.P. Général créa la Région de l’Est de la Province d’Afrique Centrale et le Père Chrysologue Mahame fut nommé son Supérieur Régional. Cette entité régionale qui groupait les jésuites oeuvrant au Rwanda, au Burundi et à Bukavu fut créée en vue de promouvoir les Ministères de la Compagnie de Jésus dans cette partie orientale de la Province d’Afrique Centrale. Cette Région de l’Est a cessé son existence Juridique en 1977. Au Rwanda, cette structure fut remplacée, pour certains de ses rôles, par le « Conseil des Ministères du Rwanda ».

Avant la suppression de la Région de l’Est, un nouveau Ministère de la Compagnie de Jésus avait pris naissance au Rwanda. Le 2 septembre 1974 en effet, la République Rwandaise avait confié à la Compagnie de Jésus la direction et la gestion du Collège de Gisenyi suivant une convention signée entre les deux parties. Les Pères Marc Van Stratum, Jean Gasenge et Albert De Schrijver furent nommés pour ce nouvel apostolat. Ce Collège avait été dirigé successivement par des Abbés diocésains, des Frères de l’Instruction Chrétienne, et par un laïc rwandais. Les Pères Jésuites y ouvrirent dès 1977 le Second Cycle du Secondaire avec une Section commerciale et Administrative.

En octobre 1980, une quatrième Communauté jésuite est implantée à Butare en vue des Etudes pour les scolastiques s.j. à l’Université Nationale du Rwanda, et d’autres Ministères de la Compagnie de Jésus.

En septembre 1986, le Collège de Gisenyi, sous la Direction du Père Alexis Habiyambere, déménage dans un nouveau site, à 7 Kms de l’ancien, dans de nouveaux bâtiments, et devient un Groupe scolaire avec trois sections d’enseignement secondaire : Economie, Biochimie et Math-Physique. Le financement de la Construction de ce Collège est assuré par la Coopération Belge et le Gouvernement Rwandais.