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Par ailleurs, déjà en 1951, un Grand Séminariste qui venait de terminer ses études de Philosophie au Grand Séminaire de Nyakibanda, Chrysologue Mahame, avait demandé d’entrer dans la compagnie de Jésus. Ce premier candidat jésuite rwandais fut admis en septembre 1952 au noviciat de Djuma dans la Mission S.J. du Kwango-Kwilu (au Congo belge). Depuis alors, d’autres candidats rwandais suivirent presque chaque année.

En septembre 1966 le noviciat de Djuma fut transféré à Cyangugu (au Rwanda), à un endroit où était construite la maison de compagne des Pères du Collège de Bukavu, avec les Pères J-M. Cardol, Maître des novices, et A. Bouillot, socius dont deux Rwandais : Augustin Karekezi et Théoneste Nkeramihigo. Ainsi la Compagnie de Jésus était de nouveau présente au Rwanda, après une longue interruption occasionnée par le transfert du Collège de Saint-Esprit au Burundi

Le 17 février 1969 l’Etat rwandais accorde la personnalité civile à "l’Association des Religieux de la Compagnie de Jésus au Rwanda". Deux mois après, le 6 avril 1969, les Pères Chrysologue Mahame, Léon Verwilghen, Tony Vandenkerckhoven sont nommés et envoyés par la Province d’Afrique Centrale pour la fondation d’un Centre spirituel, culturel et social à Kigali, capitale de la République rwandaise (l’actuel Centre Christus). Ce Centre allait connaître un essor pour le retraites et sessions. La présence de jésuites rwandais en ce Centre permit d’organiser des retraites et recollections en langue nationale.

Le 2 septembre 1974, le Gouvernement de la République Rwandaise confie la direction et la gestion du Collège de Gisenyi à la Compagnie de Jésus, suivant une Convention signée entre les deux parties. Les Pères Jean Gasenge, Marc Van Stratum et Albert Deschrijver sont envoyés pour ce nouvel apostolat. Ce Collège avait été dirigé successivement par les Abbés diocésains, les frères de l’instruction Chrétienne et par un laïc rwandais. Les jésuites ouvrirent dès 1977 le section Commerciale et Administrative.

En octobre 1980 une quatrième communauté jésuite est implantée à Butare en vue des études universitaires à l’université Nationale du Rwanda pur les Scolastiques jésuites, et de divers ministères.

En septembre 1986, le Collège de Gisenyi, sous la direction du Pere Alexis Habiyambere déménage dans un nouveau site, à 7 Kms de l’ancien, dans de nouveaux bâtiments, et devient un groupe Scolaire avec trois sections d’enseignement secondaire : Economie, Bio-Chimie et Math-Physique. Le financement des constructions de ce Collège fut assuré par la Coopération belge et par le Gouvernement rwandais.